Le village d’Ochtezeele fait partie des villages les plus anciens de la Flandre occidentale. La première mention en est faite dans une bulle du pape Honorius II le 6 Décembre 1127.

L’église Saint-Omer a été construite sur un ancien oratoire du XIIème siècle de style roman (la façade principale à l’Ouest en reste le principal témoin), qui fut agrandie au XVIème siècle par l’adjonction d’une seconde nef et d’une triple abside. La partie romane comportait 5 travées.

Le plan est typique d’une église-halle. Le clocher octogonal est un des plus hauts de Flandre.
La seconde nef latérale ne fut pas construite et l’édifice conserva son bas-côté Sud peu développé.
Le type d’église-halle se diffuse dans la région côtière entre le premier tiers du XVème siècle et la seconde moitié du XVIème siècle. L’agrandissement de l’édifice s’effectua entre le premier tiers du XVème siècle et la seconde moitié du XVIème siècle. Le bas-côté Sud est antérieur au large bas-côté Nord. Seule la petite porte du paradis avec son linteau en arc brisé témoigne du remaniement des parements à la fin du XVème siècle.